La visita permette di approfondire le testimonianze dal XIII al XV secolo, esposte al terzo piano dello storico edificio, quelle dal XVI al XVII secolo sono presentate al secondo; insieme alle sezioni monografiche dedicate ai tessuti umbri e all’oreficeria. Vengono presentati i capolavori del Maestro di San Francesco, Arnolfo di Cambio, Nicola e Giovanni Pisano, Duccio di Buoninsegna, Gentile da Fabriano, Beato Angelico, Benozzo Gozzoli, Piero della Francesca, Agostino di Duccio, Francesco di Giorgio Martini, un cospicuo nucleo di dipinti di Pietro Vannucci, detto il Perugino, oltre alle opere di Pintoricchio, Orazio Gentileschi, Pietro da Cortona.